Факт е, че не всички увреждания в молекулата на ДНК си заслужават поправката. Има увреждания, като алкилирането с малки групи например (добавяне на малка химична група като метил или етил например), които не пречат на азотните бази от двете вериги на ДНК да се сдвояват и не променят структурата на молекулата. Тези увреждания не се разпознават като грешки и не са обект на поправка. Ако тези увреждания обаче, възпрепятстват комплементирането на базите и увреждат структурата на молекулата, те своевременно се подлагат на отстраняване чрез Изрязване на къс сегмент. Това е и начинът за поправка, ако се скъса едната верига в структурата на ДНК. Скъсването и на двете вериги обаче обикновено е непоправимо и фатално за клетката, особено, ако е на едно и също място.
Уврежданията, които предизвикват големи деформации в ДНК (като образуването на пиримидинови димери и алкилирането с големи групи), предизвикват не само отстраняването на „дефектния“ участък, но и на дълги съседни такива, за да е сигурно отстраняването на дефекта. Това Изрязване на дълги сегменти се следва от възстановяване на отстранения участък с правилната конфигурация от нуклеотиди. Много от големите алкилиращи агенти произлизат от замърсяването на околната среда или от индустриално замърсяване. Подлагането на клетката на подобни химични реагенти се асоциира със силно увеличен риск от злокачествени заболявания.
NEWS_MORE_BOX
Вмъкването на допълнителни агенти, които могат да денатурират ДНК молекулата, също е увреждане, при което първо се изрязва участъкът с прилежащи големи съседни региони и след това синтезиране на липсващото парче.
В поправката обаче, си има ред. Първо се поправя еухроматина, а след това хетерохроматина, първо се поправя веригата на ДНК, която ще служи за матрица за синтеза на РНК, а след това другата верига и др. и тази последователност е от изключителна важност за оцеляването на човека.