Чрез секрецията на различни вещества, соли и вода, храносмилателната система извършва три основни функции – смилателна, защитна и регулаторна.


Секреторната активност на храносмилателната система се изразява в производството и отделянето на храносмилателни ензими, но не само. В това число се включват още вода, електролити, включително и хормонални субстанции. Тези хормони и хормонални субстанции се отделят от различни органи и системи – специализирани жлези, както в храносмилателната система, така и извън нея.


Смилателната функция се осъществява от ензими, които превръщат белтъците, въглехидратите и мазнините в нискомолекулни съединения. Мукусът, заедно с електролитите и водата, които се отделят по хода на храносмилателния тракт, покриват лигавицата и по този начин осъществяват и защитна функция. Мукусът е устойчив на храносмилателни ензими и по този начин предпазва от химичното въздействие на редица ензими.



Ролята на водата и електролитите е да разрежда в значителна степен и в някои случаи дори неутрализира попадналите едновременно с храната бактерии, вируси, някои паразити и токсини.


Основната роля на хормоналните субстанции е да регулират секрецията и двигателната активност на храносмилателната система.


Гастринът е с основно значение като физиологичен регилатор на секрецията на солна киселина от стомашната лигавица. Освен това има значение и за трофиката на стомашната лигавица.


Като негова противоположност по действие соматостатинът намалява отделянето на солна киселина, но не само. Той оказва действие още върху забаване изпразването на стомаха и намалява кръвния поток към тънкото черво. Освен това оказва инхибиращо-потискащо действие върху редица други хормони, в случай на необходимост. Крайният резултат от неговите ефекти е намалената резорбция на хранителни вещества.


Храносмилателните сокове се отделят по цялото протежение на стомашно-чревния тракт. Техният обем, както и съставът им зависят пряко от физико-химичната природа на приетата храна, която може да варира в големи граници.


Слюнката е първият „секрет“, който се отделя при прием на храна или дори само при мисълта за нея. Тя се отделя от слюнчените жлези, но в нейния състав влизат още гингивална (от венеца) течност, различни микроорганизми от зъбната плака и остатъци от храна. Слюнката се произвежда от два вида слюнчени жлези – главни и малки.