В предишна статия изяснихме начините за сигнализация, които ДНК използва, за да „инструктира“ РНК полимеразата, за точното място на захващането ѝ за двойноверижната молекула и стартиране на транскрипцията. Изяснихме, също така, че ДНК е и матрицата, която определя последователността на нуклеотидите, които постепенно се захващат в молекулата на РНК и така я удължават. А сега, дойде моментът да изясним каква е ролята на ДНК в терминирането (прекратяването) на транскрипцията. Подобно на инициирането на транскрипцията, краят ѝ и мястото на отделянето на РНК полимерацата от ДНК молекулата е строго специфично.
При прокариотните клетки, приключването на транскрипцията при някои гени се осъществява, в момента, в който полимеразата достигна до специфичен участък на ДНК. Този участък съдържа последователност от нуклеотиди, които са комплементарни на самите себе си. Това позволява, тези нуклеотиди от новосинтезираната РНК верига, да се свържат помежду си комплементарно и да образуват примкоподобна структура. Ако след тази примка, следва последователност от 4-8 нуклеотида съдържащи Урацил (U) като азотна база, това е сигналът за отделяне на РНК от ДНК-овата матрица и терминиране на транскрипцията.
За други гени, на прокариотни клетки, терминацията на транскрипцията изисква участието на протеинен фактор наречен Рьо-фактор (rho). Този протеин се свързва за специфичен участък от новосинтезираната РНК верига и действа като хеликаза, предизвиквайки разделяне на РНК-ДНК хибрида. Това поставя края на синтезата на РНК.
За съжаление, сигналите, които предизвикват прекратяване на транскрипцията за протеин-кодиращите гени в еукариотните клетки са все още недостатъчно изяснени. Причина за това е фактът, че 3ꞌ края на първично транскрибираната РНК молекула е нестабилен и се разрушава преди РНК да бъде изолирана и секвенирана (да се определи вида и последователността на нуклеотидите ѝ).
