Митохондриалната ДНК може да бъде подложена на влиянието на различни ензими, които могат да променят нейната структура. Изградена от 16 560 базови двойки и при наличие нормално на 10 базови двойки в навивка, структурата на тази молекула е съставена от 1656 навивки. Ако обаче в структурата съществуват повече от този брой навивания, молекулата се отбелязва като позитивно супернавита и тя достига по-малки размери от обикновено. Наличието на по-малък брой навивания също е възможен и тогава структурата се отбелязва като негативно супернавита. В този случай, тя е навита в обратната посока и също постига по-малки размери.
Повечето натурално съществуващи ДНК, които показват супернавивания са негативно супернавити и съдържат приблизително 1 навиване в спиралата по-малко на всеки 20 навивки. В случая на митохондриалната ДНК, това прави около 83 спирални навивания по-малко в молекулата.
NEWS_MORE_BOX
Причинител на тези супернавивания, както и техен компенсатор е ензим наречен топоизомераза. В зависимост от своя вид, топоизомеразата извършва различни промени в молекулата – крои и шие. Топоизомераза I (едно) срязва едната от веригите на ДНК, като по този начин позволява на ДНК да се размотае и да намали напрежението от навиването. След това същата топоизомераза „съшива“ скъсания участък като възстановява фосфодиестерните връзки.
Тази топоизомераза намалява броя на навивките в молекулата, но няма способността да изгради нови такива. Способността да създава нови навивки в молекулата на ДНК се пада на ензима Топоизомераза II (две). Наричан също ДНК гираза, този ензим използва енергия от хидролизата на АТФ (аденозин трифосфат), за да разреже и двете вериги на ДНК и да добави (или извади) допълнителна спирална навивка. Във възможностите на този ензим е и същиването на прекъснатия участък и възстановяването на цикличната структура на митохондриалната хромозома.
