Вторичната структура на ДНК има своите особености. Представената от Уотсън и Крик „В“ форма на ДНК разполага с две линейни вериги ДНК усукани заедно, така, че да се формира дясно-завита спирала. Двете вериги в спиралата са разположени в противоположни посоки, като това я определя като антипаралелна. Под това название се има предвид, че едната от веригите върви в посока 5’→ 3’, а другата верига в посока 3’→5’. В спиралата, също така, захарно-фосфатният скелет на веригите остава от външната страна, а във вътрешността на спиралата се поместват азотните бази на нуклеотидите. По този начин, те остават далеч от заобикалящото спиралата воднисто обкръжение. В „В“ формата, азотните бази са разположени почти перпендикулярно на надлъжната ос на спиралата. 
 
Но какво кара тази спирала да не се развива? Водородните връзки между базите (А-Т и G-С) и взаимоотношенията между самите нуклеотиди (фосфодиестерни връзки) са главните сили, които поддържат ДНК спиралата здрава. Водородните връзки, които свързват двете спирали на ДНК една за друга са слаби връзки, но броят им е голям, което прави разделянето на спиралите сравнително трудно. Аденинът има способността да образува 2 водородни връзки с тимина, а гуанина - 3 водородни връзки с цитозина. Освен водородните връзки, в спиралата действат и фидрофобни взаимодействия, които възникват между ароматните бази (името им не е свързано с аромат), които застават една над друга в спиралата. Силата на тези взаимодействия за стабилизиране на спиралата е по-малка от силата на водородните връзки, но те също спомагат за здравината ѝ.
NEWS_MORE_BOX
 
 
По правилото на Чаргаф, наличието на аденин (А) в едната верига налага наличието на тимин (Т) в другата и реципрочно, а наличието на гуанин (G) в едната, изисква наличието на цитозин (С) в другата. Това определя възникването на названието „комплементарни бази“ отнасящо се за А и Т и съответно за G и С.