За да се изгради молекулата на ДНК, обаче, не е достатъчно само да се сглобят отделните нуклеотиди. За да се получи стабилна верига, е необходимо тези нуклеотиди да се подредят и здраво да се захванат един за друг. Подобно на хора, хванати за ръце във виещо се хоро, нуклеотидите също имат начин да се „хванат за ръце“ един за друг и да образуват дълга верига.
 
Това се осъществява чрез фосфодиестерни връзки. Фосфодиестерната връзка е връзка, при която един фосфат „хваща протегнатата ръка“ на –ОН групата (стояща на 3’ място) на единия нуклеотид и я свързва с „протегнатата ръка“ на -ОН група (стояща на 5’ място) на друг нуклеотид. Така, два нуклеотида се свързват помежду си чрез своите хидроксилни групи – съставени от 1 кислороден и 1 водороден атом (-ОН група).
 
Това свързване на нуклеотидите, води до разлика в двата края на веригата на ДНК. В единия край остава свободна –ОН група на позиция 5’, която не е свързана с нищо или е свързана само с фосфатна група и това се обозначава като 5’ края на молекулата ДНК.
NEWS_MORE_BOX
 
 
В другия край на молекулата остава несвързана –ОН група на позиция 3’ и това се обозначава като 3’ края на молекулата. При движение от един нуклеотид към друг, можем да се движим към 5’ края или в направление 5’ или обратно - към 3’ края, т.е. в направление 3’. Когато за молекулата можем да посочим такива посокови различия, казваме, че тя има полярност.
 
Молекулата на ДНК представлява захаро-фосфатен „скелет“ с периодично прикрепени към него азотни бази. Последователността на тези азотни бази в молекулата на ДНК представлява нейната първична структура. И подобно на думите „БИРА“ и „РИБА“, при които разместването на едни и същи букви води до напълно нов смисъл на думата, разместването или заместването на азотни бази в една молекула ДНК води до ново значение и нова информация. А молекулите на ДНК са наистина дълги!
 
ATGCCTGAAATTGCCATAGCTGATCGTAATCCGTTCGA