Апаратът на Голджи се характеризира с известна специализация в трите си части. Пример за това е ензимът манозо-6-фосфат, който отнема манозата от някои протеини и извършва своята дейност в цис-мрежата на апарата на Голджи.
 
N-ацетилгликозаминът, от своя страна, се добавя към протеините в междинната зона на органела, а добавянето на сиалова киселина и галактоза, както и фосфорилирането и сулфатирането на аминокиселините стават в трансчастта.
 
В трансмрежата се извършва и окончателното сортиране на протеините, като те биват предназначени за клетъчната мембрана, за секреторните везикули или за лизозомите.
 
Секреторните везикули (гранули) се образуват главно в екзокринните и ендокринните клетки на жлезите, както и в нервните клетки, особено в тези, означени като невросекреторни. Тяхната дейност е свързана с отделяне на вещества в извънклетъчното пространство.
 
Размерите им варират между 0,15 и 1 µm. Секреторните везикули са значително по-големи от обикновените ензим-пренасящи везикули.
 
Съдържанието на някои секреторни везикули може да надвиши 200 пъти това на цистерните в грЕР. Те съдържат основно еднакви или различни видове протеини, които са хормони, невропептиди или хидролитични ензими
NEWS_MORE_BOX
 
 
Всички тези вещества се отделят в извънклетъчното пространство с помощта на покритите с клатрин секреторни везикули. В някои случаи концентрацията и агрегирането на протеините в гранулите обуславя по-плътния им център и те се отбелязват като кондензиращи вакуоли.
 
Секреторните гранули, при определени клетки, се натрупват основно в горната част на клетката и при специален сигнал - регулирана секреция, (например невротрансмитери или хормони), се сливат с клетъчната мембрана и отделят съдържанието си в извънклетъчното пространство.
 
Секреторните везикули, съдържащи храносмилателни ензими, носят названието зимогенни гранули.