Както вече отбелязахме, химичното действие на слюнката води до започване на разграждането на въглехидратите още в устата. Попаднала в стомаха обаче храната се подлага на действието на стомашния сок, който предизвиква разграждането и на друг вид хранителни вещества - белтъците. 
 
Под действието на ензима Пепсин, започва разграждането на белтъците най-напред до по-високомолекулни съединения, а в последствие и до аминокиселини. Пепсинът първоначално се отделя в неактивна форма, като активирането му се предизвиква от солната киселина. Солната киселина в стомаха има и друга функция, а именно да осигури набъбването на белтъците и пресичането им в прясното мляко, така че да се улесни действието на другите ензими. Солната киселина има и противобактериално действие и предпазва стомаха от възникването на инфекции.
 
Стомашната секреция е подложена на нервна и хуморална регулация. Тя започва няколко минути след попадането на храна в устната кухина и продължава няколко часа, като зависи от физичните и химичните характеристики на храната. Отделянето на стомашен сок е безусловен рефлекс,  неподвластен на нашите желания. Възможно е обаче само видът или мирисът на вкусна храна да ни накарат да усетим стържене в стомаха си и да предизвикат отделянето на стомашен сок. Това вече е условнорефлексната секреция, която е от особена важност за храносмилането и може да бъде „тренирана“. Неприятният вкус или мирис на храната или отблъскващият ѝ външен вид, особено в детска възраст, могат да нарушат храносмилателният процес. 
NEWS_MORE_BOX
 
 
Влиянието на някои вещества и хормони, като например вещества в зеленчуковите и месните бульони, кофеинът, както и хормонът гастрин (отделян от лигавицата на пилора), постъпват в кръвта и предизвикват стимулиране на секрецията на жлезите на стомаха и отделянето на допълнително стомашен сок.