След като природата си послужи с измама и заблуди ензима Полимераза, че репликацията (удвояването) на ДНК вече е започнало, Полимеразата бързо започна да извършва своята дейност и да синтезира нова (дъщерна) верига ДНК.
 
Тази измама обаче не може дълго да остане неразкрита в клетката и се налага бързо да се предприемат мерки за прикриване на следите и елиминиране на свидетелите. Замесен в измамното стартиране на репликацията на ДНК е малкият сегмент РНК (Рибонуклеинова киселина), който послужи като Праймер (инициатор на репликацията) и чието присъствие в новосинтезираната верига на ДНК вече е неестествено и ненужно. Поради тази причина той бива отстранен от ензим, наречен Нуклеаза, а празното пространство, получено от премахването му в новата верига ДНК се запълва от същата Полимераза, която прибавя нуклеотиди към свободно получения 3ꞌ-ОН край.
 
Когато празнината се запълни от точния брой и вид нуклеотиди, единственото нещо, което все още разделя двата края на новосинтезираната верига ДНК и възпрепятства образуването на новата кръгла молекула митохондриална ДНК е една единствена фосфодиестерна връзка, която трябва да се синтезира. Тази връзка затваря кръга и образува циклична молекула, каквато нормално е митохондриалната ДНК.
NEWS_MORE_BOX
 
 
Финалната фосфодиестерна връзка се образува с участието на ензим, наречен ДНК Лигаза. Лигазата свързва два сегмента от ДНК единствено, ако те имат свободна 5ꞌ фосфатна група и свободна 3ꞌ-ОН и за своето действие този ензим изразходва енергия.
 
След образуването на нова кръгла молекула митохондриална ДНК, тя преминава в спираловидна (усукана) двойноверижна форма и отново възниква необходимостта от действието на ензима Топоизомераза за премахването на негативното супернавиване получено при това усукване.