ДНК в ядрото на клетката се съхранява в сложна и много компактна структура. Тази структура, освен ДНК, съдържа още протеини (около 60%) и РНК (около 10%). Човешката ДНК се съхранява под формата на 46 хромозоми с различна големина. Всяка хромозома съдържа единична линейна верига ДНК (различна в различните хромозоми), която е свързана с положителни йони, полиамини и белтъци, така че структурата става 8000 пъти по-компактна от нормалната „В“ формата на ДНК.
 
И въпреки, че вече частично сме описвали структурата на еукариотната ядрена хромозома, можем да доизясним тази сложна организация. Основната структурна единица на ядрената хромозома е нуклеозомата. Това е обединение на парченце ДНК (146 базови двойки), увито около 8 белтъка (по 2 белтъка от 4 различни вида). Тези белтъци се наричат „хистонови“ и по-конкретно Н2А, Н2В, Н3 и Н4 (буквените означения са на латиница). Те съдържат около 100-135 аминокиселини високо съдържание, от които имат аргинин и лизин. Поради факта, че тези аминокиселини са с положителен заряд, те лесно създават солеви мостове с негативно заредените форфатни групи на ДНК и така заздравяват структурата.
NEWS_MORE_BOX
 
 
Хистоните играят важна структурна роля и интересното за тях е, че не са открити почти никакви разлики в аминокиселинните им последователности дори в много различаващи се биологични видове. Такъв пример е наличието само на 2 различни аминокиселини в структурата на хистоновия белтък Н3 при градинския грах и кравата например, като трябва да отбележим, че замяната на аминокиселините става като се замени една аминокиселина с друга с много сходни физични и химични свойства, например лизин с хистидин и валин с аланин.
 
Хистоновите белтъци оформят сърцевина, около която се навива парченцето ДНК съставено от 146 базови двойки, като това парченце не е специфично и не е точно определено. ДНК се усуква 2 пъти около хистоновата сърцевина, което частично нарушава „В“ формата на ДНК на определени места в нуклеозомата.