Третият основен вид РНК (освен рибозомната и транспортната РНК) е матричната РНК (мРНК), наричана още информационна. Тя е най-разнородната като размер от досега описаните видове, като има хиляди различни мРНК в човешките клетки и размерите им варират от 100 до 2500 азотни бази дължина. Това е и най-нестабилната и РНК с най-малка концентрация в клетката. Нормално, едва 5% от РНК в цитоплазмата на еукариотната клетка е мРНК, а средната ѝ „преживяемост“ е 48 часа, като някои от видовете мРНК съществуват едва 6-8 часа.
 
Колкото и да са разнородни, мРНК-и имат някои общи черти. Всички мРНК в еукариотните клетки (нека припомним, че те са под формата на единични верижки) притежават кратка последователност от нуклеотиди в началото си (5ꞌ края на молекулата), наречена „шапка“ и т.нар. „опашка“ в края си (3ꞌ края на молекулата).
 
"Шапката" представлява последователност от нуклеотиди, първият (а понякога и вторият) от които е метилиран, тоест блокиран. За по-голяма сигурност веднага след „шапката“ има участък от нуклеотиди, който не носи никаква информация и не влияе върху образуването на протеина, кодиран от тази мРНК.
NEWS_MORE_BOX
 
 
„Опашката“, от своя страна, представлява последователност от около 100 -250 аденозинови остатъка (ААААААА.....) и заедно с „Шапката“ имат функцията да предпазват молекулата от разграждане в двата ѝ края.
 
Точно преди „опашката“ също се намира регион, който е без значение за синтезирането на протеина кодиран от мРНК. Така, дори и при разрушаване на някои от крайщата на молекулата – „шапката“ или „опашката“, важната част (в средата) остава защитена и незасегната. Някои мРНК, например тези кодиращи хистоновите белтъци, нямат поли-А опашка, макар и да притежават „шапка“ в началото си. Има предположение, че поли-А опашка има все още неизяснени функции и че важността ѝ е много по-голяма от досега проучената.