Клетката, подобно на мафията, има своите „чистачи“, които унищожават ненужни вече органели или заплашващи структурата вредни елементи. Тези чистачи се наричат лизозоми. Лизозомите са мембранни органели с големина 0,3-0,8 µm. Те съдържат повече от 40 хидролитични ензими, чиято основна функция е вътреклетъчното разграждане и смилане на отпадни продукти или на проникнали в клетката микроорганизми и чужди клетъчни продукти. Лизозомите са най-добре проявени и многобройни в различни макрофаги и неутрофилни левкоцити – клетки, чиято функция е да поглъщат и смилат. Лизозомите съдържат многобройни ензими (кисела фосфатаза, нуклеази, сулфатази, липази и др.), които, за оптималното си функциониране, изискват кисела среда, т. е. рН<7,0. 
 
За да осигурят тази среда, мембраните на лизозомите имат множество протонни помпи, които активно транспортират водородни катиони навътре в лизозомите и поддържат необходимото рН - около 5,0. Друга специфична особеност на мембраната на лизозомите е, че въпреки опасно–разграждащите ензими, които заграждат в себе си, мембраните на лизозомите са изключително устойчиви и абсолютно резистентни на действието на тези ензими, както и на извънклетъчното им действие върху цитоплазмените структури. 
NEWS_MORE_BOX
 
Ензимите на лизозомите се синтезират и агрегират в гранулирания ендоплазмен ретикулум, откъдето се пренасят в апарата на Голджи като везикули. Там те отчасти се модифицират, откъдето постепенно се пакетират в лизозоми.
 
Лизозомите обаче не започват веднага да изпълняват специфичната си роля, представляват първични лизозоми. В зависимост от материала, който подлежи на вътрешноклетъчно смилане – големи, чужди частици; малки, чужди частици; или вътрешноклетъчни продукти, които трябва да се отстранят от клетката, съществуват три форми на реализация, при което първичните лизозоми се превръщат във вторични лизозоми.