Поправка на увредена ДНК се извършва и в случаите, когато увреждането е депуринизация. Такава липса на нуклеотид с пуринова база (Аденин или Гуанин) в ДНК веригата се поправя чрез Изрязване на къс сегмент. Първичното срязване в ДНК веригата се прави от 5´ страната на липсващата азотна база, като се изрязват няколко нуклеотида. Това остава свободен 3´- ОН край, който служи за място за захващането на нови нуклеотиди и запълването на изрязания участък. Това се извършва от ензима ДНК полимераза β, а ензимът ДНК лигаза създава фосфодиестерните връзки между добавените нуклеотиди.
 
Изрязването на къси сегменти е начин за поправка на увреждане, представляващо добавяне на неправилен нуклеотид по време на синтезата на ДНК. В тези случаи, в двойната верига на ДНК има място (подобно на счупен цип, който се отваря по средата), на което две бази от двете вериги не комплементират, т.е. не се разпознават и не се свързват помежду си. В този случай, поправящият механизъм трябва да разпознае коя от двете бази е правилната и коя е грешната, т.е. коя е вярната майчина верига и коя е грешно новосинтезираната дъщерна верига.
NEWS_MORE_BOX
 
 
Това става, чрез малък белег, който клетката поставя на всяка майчина верига, а именно метилиране (прибавяне на метиленова група) на 5-та позиция на Цитозина в последователността Гуанин-Цитозин (G-C). Този малък, таен белег не променя способността на Цитозина да комплементира и съществува във всяка майчина верига, като липсва в дъщерната. В дъщерната, този белег се появява малко след като репликацията на ДНК е приключила. Така поправящите ензими разпознават коя верига е правилната и коя сгрешената и предприемат изрязването на къс сегмент. Това е последната стъпка в самопроверката на репликацията на ДНК. Това поправяне намалява грешките в добавянето на нуклеотиди, като ги свежда до 1 на всеки 10⁸ - 10⁹ новодобавени нуклеотида.