Когато настъпи денатурация на ДНК, някои от физическите свойства на молекулата се променят. Пример за това е абсорбцията (оптичната плътност). Нуклеотидите, особено пурините, абсорбират светлината при 260 nm. Абсорбцията е намалена от взаимоотношенията между базите при подреждането им в двойната верига на ДНК. При денатурация, взаимоотношенията и позиционирането на базите е разрушено и абсорбцията се увеличава. Това увеличение се нарича хиперхроматичност. При повечето ДНК молекули, увеличението е приблизително с 40%. Това увеличение в абсорбцията е най-лесният начин, по който може да се измерва денатурацията на ДНК. Поради факта, че аденозин монофосфатът (АМР) има най-висока абсорбция при 260 nm, увеличението на хиперхроматизмът е линейно свързано с количеството на АМР в ДНК.
 
Друг пример е вискозитетът. Той оценява дължината и стабилността на молекулата. Молекулата на ДНК, по принцип, е дълга и стабилна структура, но когато настъпи денатурация, тя се превръща в две случайно навити и несвързани помежду си вериги, което от своя страна намалява вискозитета.
NEWS_MORE_BOX
 
 
Плавателната плътност също търпи промени. Тя се измерва чрез центрофугиране през градиент от цезиев хлорид. Или казано по-просто, както сламка не може да потъне до дъното на летен плодов коктейл, направен от няколко вида сок с различна плътност, така и ДНК проба - поставена на повърхността на разтвор с плътностен градиент към дъното потъва само дотам, докъдето плътността е по-малка или равна на нейната. Двойната верига на ДНК има по-голяма плавателна плътност отколкото единична верига на ДНК. Плавателната плътност на ДНК зависи от G+C съдържанието в ДНК пробата. Молекулата с по-голямо съдържание на гуанин се свързва с по-висока плътност от тази, която има по-ниско гуаниново съдържание, независимо дали се сравняват единични вериги или двойно-верижни проби ДНК.